Защита экономических интересов членов профсоюза является приоритетным направлением деятельности Горкома профсоюза, которая осуществляется на основе отраслевых соглашений, коллективных договоров и индивидуальных трудовых договоров
Горком профсоюза постоянно принимает участие в конференциях и собраниях трудовых коллективов по заключению и выполнению коллективных договоров, подведению итогов финансово-хозяйственной деятельности предприятий. В настоящее время коллективные договоры действуют в 85,9 % предприятий, входящих в региональный профсоюз и охватывают 97,2 % работающих.
В рамках городской системы социального партнёрства в ходе переговоров по разработке и заключению Городского соглашения Департамент транспорта и развития дорожно-транспортной инфраструктуры города Москвы, Государственное унитарное предприятие города Москвы «Мосгортранс» и Региональная общественная организация «Московский городской профсоюз работников автомобильного транспорта и дорожного хозяйства» договариваются по всему спектру социально-трудовых и связанных с ними экономических отношений между работодателями и наёмными работниками. В Городское соглашение включены взаимные обязательства сторон по устойчивому функционированию и дальнейшему развитию наземного городского пассажирского транспорта общего пользования, улучшению условий труда и отдыха работников, оплаты и охраны труда, обеспечению и расширению государственных гарантий в вопросах занятости и социальной защиты работников, в том числе привлекаемых в установленном порядке иногородних и иностранных работников, развитию кадрового потенциала предприятия, эффективному участию молодых работников в жизни предприятия, профессиональному росту и социальной защите молодёжи на основе принципов социального партнёрства. Контроль за реализацией Городского соглашения осуществляется сторонами социального партнёрства на постоянной основе. Итоги Городского соглашения подводятся два раза в год на заседаниях Президиума Горкома профсоюза.
Горком профсоюза контролирует выполнение работодателями установленных норм и систем оплаты труда, размеров тарифных ставок (окладов), форм материального поощрения работников, содействует заключению и реализации коллективных договоров в организациях в соответствии с законами Российской Федерации и города Москвы, отраслевыми (межотраслевыми) и иными соглашениями.